NIK sprawdziła, jak instytucje państwowe radzą sobie z projektami melioracji w ramach unijnego Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich 2007-2013. Kontrolerzy zbadali Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi, Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, urzędy marszałkowskie oraz wojewódzkie zarządy melioracji i urządzeń wodnych.
Pomimo angażowania coraz większych środków finansowych z budżetu krajowego i UE z roku na rok przybywa urządzeń melioracyjnych, które wymagają modernizacji lub nawet odbudowy. Dotyczy to już ok. 22% cieków naturalnych, 27% kanałów i aż 41% wałów przeciwpowodziowych. To oznacza, że tempo niszczenia i dekapitalizacji jest szybsze niż prace nad ich utrzymaniem i rozbudową.
Do końca czerwca 2011 r. wojewódzkie zarządy melioracji i urządzeń wodnych złożyły urzędom marszałkowskim 348 wniosków o przyznanie pomocy finansowej na rozbudowę i modernizację odpowiednich urządzeń. Samorządy wydały do tego czasu 260 decyzji, przyznając 828,7 mln zł, z czego 621,5 mln z pochodzi z unijnych środków.
Chociaż Program obowiązuje od 2007 r., to pierwsze wnioski o dofinansowanie projektów mogły napływać do samorządów dopiero w 2009. Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi z półroczną zwłoką wydał rozporządzenie dotyczące warunków przyznawania dotacji. Jeszcze dłużej, bo do stycznia 2009 r., trwało uzgadnianie treści umów między samorządami a Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, dotyczących podziału zadań, a do czerwca - postępowanie ws. uruchamiania środków UE. Przedłużało się także ustalanie źródła finansowania podatku VAT.
W konsekwencji tych opóźnień część dokumentacji straciła ważność i konieczne było poniesienie dodatkowych nakładów finansowych. Np. w Poznaniu, Zielonej Górze i Wrocławiu dodatkowe koszty wyniosły łącznie 258 tys. zł. Ponadto samorządy nie zdążyły wykorzystać części środków przeznaczonych z budżetu na rok 2009. Np. w województwie lubuskim nie wykorzystano 30 mln zł, w małopolskim 30,7 mln.